公司按照专业化、扁平化的机构设置要求，组成精简、高效的经营机构。公司实行董事会任命的总经理负责制，下设五大片区及九个部门，各片区内部门设置完善，采取分区域和各职能部门相结合的管理模式。五大片区分别为：华东片区、华南片区、东南片区、山东片区和环渤海片区；九个部门分别为：商务部、航运部、船管部、箱管部、安监部、财务部、总经办、人力资源部、信息部。各船舶实行船长负责制。